- Despacho Contralor
- Dirección Operativa de Control Interno
- Dirección Técnica de Planeación
- Contraloría Auxiliar
- Dirección Técnica de Control Fiscal y Medio Ambiente
- Dirección Técnica de Responsabilidad Fiscal
- Secretaría General
- Dirección Técnica Jurídica
- Dirección Técnica de Participación Ciudadana
- Secretaría Administrativa y Financiera
- Directorio Información Dependencia