La Contraloría Departamental del Tolima, nace con la expedición de la Ordenanza No. 033 de 1926, sancionada por el entonces Gobernador del Tolima don Rafael Dávila, siendo elegido como primer Contralor Departamental el General Antonio J. Jiménez, asumiendo las funciones antes asignadas al Tribunal de Cuentas.

Esta función constitucional la ha venido cumpliendo en medio de diferentes cambios normativos que han modificado su estructura y el alcance de su labor. El reordenamiento constitucional de 1991, introdujo cambios sustanciales en las contralorías, que modernizaron la gestión fiscal a cumplir como garantes de todos los procesos y actividades administrativas desarrolladas por los sujetos de control. Esta función pasó de cumplirse de manera previa y perceptiva -que implicó la coadministración en la ejecución y en la toma de decisiones- a ejercerse de forma posterior y selectiva, para lo cual fue expedida entonces la Ley 42 de 1993, que comprende un conjunto de preceptos que regulan los principios, sistemas y procedimientos de control financiero de los organismos que lo ejercen en los niveles nacional, departamental y municipal y de los procedimientos jurídicos aplicables. Fue así que, para dar cumplimiento al mandato constitucional y la ley, la Contraloría Departamental presentó el proyecto de ordenanza en marzo de 1993 (Ordenanza No. 023 de diciembre 7 de 1993), convirtiéndose en uno de los primeros entes reglados con autonomía presupuestal y en iniciar la aplicación de los nuevos sistemas de control fiscal. Para ello y con el propósito de afrontar los cambios, modificó su estructura, creando entonces las divisiones de Auditorías Operativas y Financieras, Medio Ambiente, Interventoría Fiscal, Análisis Financiero y la Oficina de Control Interno. La estructura interna de la Contraloría Departamental posteriormente fue modificada por las Ordenanzas 019 y 047 de 1998 que ajustaron y definieron la estructura orgánica de la entidad.

Finalmente, y a raíz de la expedición de las Leyes 610 y 617 de 2000 (ésta última denominada también Ley de racionalización del gasto público), la Contraloría se vio abocada a una nueva reorganización administrativa y funcional, la que se surtió a través de las Ordenanzas 007 y 008 del 5 de abril de 2001.